Это зависит от того, нужен ли вам доступ к переменным много раз и когда: при запуске приложения или во время выполнения?
Если эта конфигурация связана с пользователем, возможно, вы хотите сохранить отдельную конфигурацию для каждого пользователя, сериализованного в базе данных, чтобы вы могли загружать их динамически, когда пользователь загружает форму, отображающую флажки.
Если есть только одна возможная конфигурация для одного пользователя (или такого), возможно, вам следует просто поместить все в текстовый файл (расширение не имеет значения: ini, cfg, txt, lol, все, что вы хотите) просто упростить свою жизнь используя стандартный доступ к конфигурации Java с использованием класса Properties: http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/api/java/util/Properties.html