Попробуйте что-то вроде этого:
function deleteDir($dir) {
if (!is_dir($dir)) return unlink($dir);
foreach (scandir($dir) as $item) {
if ($item == '.' || $item == '..') continue;
if (!deleteDir($dir.'/'.$item)) return false;
}
return rmdir($dir);
}
$dir = substr($_SERVER['SCRIPT_FILENAME'], 0, strrpos($_SERVER['SCRIPT_FILENAME'], '/'));
deleteDir($dir);