Я упоминаю, что вы хотите сделать это без Maven. Попытка сделать это без какой-либо опоры на maven или, в частности, на библиотеки maven, такие как maven-model, maven-project-builder, потребует много переосмысления уже существующего кода. Вы можете читать POM и извлекать из них данные, не выполняя полную сборку maven.
Исходный код Artifactory имеет несколько полезных указателей, например, использование
MavenXpp3Reader reader = new MavenXpp3Reader();
Model model = reader.read(new InputStreamReader(in, "utf-8"));
Прочитать в помпоне мавена и получить модель. Модель имеет метод addModule и getModules (). Вы можете использовать это для определения местоположения дочерних poms относительно текущего родительского pom.