У меня есть еще одно сомнение в отношении файла .htaccess, есть ли способ, которым я могу включить mod_rewrite через любой код без непосредственного редактирования файла httpd.conf
Вы помещаете эту строку перед любыми правилами перезаписи в вашем файле .htaccess, который включит механизм перезаписи - никаких изменений в httpd.conf не требуется.
RewriteEngine on
* +1007 *
Если он включен, это повлияет на все родительские каталоги и файлы моего сайта
Файл .htaccess влияет только на папку, в которой он находится, и на любую подпапку этой папки.