Я огляделся по объектной модели и не смог найти метод execute - но должен быть способ сделать это ...
Но, немного подумав, вы можете сделать это.
// Set the active document
doc.DTE.ActiveDocument.Activate();
// Press F5 - which calls Execute.
SendKeys.Send("{F5}");
Хорошо, это взлом, но это может помочь вам решить проблему. : -)