(1). Мне интересно, как я могу ускорить трудоемкие вычисления в цикле моего кода ниже, используя MPI?
int main(int argc, char ** argv)
{
// some operations
f(size);
// some operations
return 0;
}
void f(int size)
{
// some operations
int i;
double * array = new double [size];
for (i = 0; i < size; i++) // how can I use MPI to speed up this loop to compute all elements in the array?
{
array[i] = complicated_computation(); // time comsuming computation
}
// some operations using all elements in array
delete [] array;
}
Как показано в коде, я хочу выполнить некоторые операции до и после параллельной части с MPI, но я не знаю, как указать, где начинается и заканчивается параллельная часть.
(2) Мой текущий код использует OpenMP для ускорения вычислений.
void f(int size)
{
// some operations
int i;
double * array = new double [size];
omp_set_num_threads(_nb_threads);
#pragma omp parallel shared(array) private(i)
{
#pragma omp for schedule(dynamic) nowait
for (i = 0; i < size; i++) // how can I use MPI to speed up this loop to compute all elements in the array?
{
array[i] = complicated_computation(); // time comsuming computation
}
}
// some operations using all elements in array
}
Интересно, если я перейду на использование MPI, возможно ли иметь код, написанный как для OpenMP, так и для MPI? Если это возможно, как написать код и как скомпилировать и запустить код?
(3) Наш кластер имеет три версии MPI: mvapich-1.0.1, mvapich2-1.0.3, openmpi-1.2.6.
Их использование одинаково? Особенно в моем случае.
Какой из них лучше для меня использовать?
Спасибо и всего наилучшего!
UPDATE:
Я хотел бы немного подробнее рассказать о своем вопросе о том, как указать начало и конец параллельной части. В следующем игрушечном коде я хочу ограничить параллельную часть внутри функции f ():
#include "mpi.h"
#include <stdio.h>
#include <string.h>
void f();
int main(int argc, char **argv)
{
printf("%s\n", "Start running!");
f();
printf("%s\n", "End running!");
return 0;
}
void f()
{
char idstr[32]; char buff[128];
int numprocs; int myid; int i;
MPI_Status stat;
printf("Entering function f().\n");
MPI_Init(NULL, NULL);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&numprocs);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&myid);
if(myid == 0)
{
printf("WE have %d processors\n", numprocs);
for(i=1;i<numprocs;i++)
{
sprintf(buff, "Hello %d", i);
MPI_Send(buff, 128, MPI_CHAR, i, 0, MPI_COMM_WORLD); }
for(i=1;i<numprocs;i++)
{
MPI_Recv(buff, 128, MPI_CHAR, i, 0, MPI_COMM_WORLD, &stat);
printf("%s\n", buff);
}
}
else
{
MPI_Recv(buff, 128, MPI_CHAR, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &stat);
sprintf(idstr, " Processor %d ", myid);
strcat(buff, idstr);
strcat(buff, "reporting for duty\n");
MPI_Send(buff, 128, MPI_CHAR, 0, 0, MPI_COMM_WORLD);
}
MPI_Finalize();
printf("Leaving function f().\n");
}
Однако текущий результат не ожидается. Части printf до и после параллельной части выполнялись каждым процессом, а не только основным процессом:
$ mpirun -np 3 ex2
Start running!
Entering function f().
Start running!
Entering function f().
Start running!
Entering function f().
WE have 3 processors
Hello 1 Processor 1 reporting for duty
Hello 2 Processor 2 reporting for duty
Leaving function f().
End running!
Leaving function f().
End running!
Leaving function f().
End running!
Так что мне кажется, что параллельная часть не ограничена между MPI_Init () и MPI_Finalize ().
Помимо этого, я все еще надеюсь, что кто-нибудь ответит на мои другие вопросы. Спасибо!