Я думаю, этот код будет делать то, что вы хотите.Он ставит отметки только по краям пикселей:
A = ...; %# Your 4-by-4 matrix
image([0.5 3.5],[0.5 3.5],A); %# Pixel edges are at 0, 1, 2, 3, and 4
set(gca,'XTick',0:4,'YTick',0:4); %# Place tick marks at 0, 1, 2, 3, and 4