Нет, вы можете делать это только в непрозрачных или прозрачных режимах. В этих режимах браузер отвечает за рендеринг и может управлять z-порядком относительно других объектов, находящихся под его контролем.
При использовании всех остальных режимов wmode Flash Player может рисовать прямо на экране, который будет поверх всего остального содержимого.