Только последний .c
имеет значение. main.c.c.c.c
будет считаться источником языка C.
Не "дурачиться", хотя, проверьте столбец флажков в представлении списка проектов. Это отмечено яблочко в качестве заголовка. Галочка означает, что источник скомпилирован в выбранную цель. Не проверенные ящики - единственная возможная проблема, о которой я могу думать.