Это разные инструменты. StyleCop ориентирован на стиль кода. Вы можете проверить док. комментарии, соглашение об именах, интервалы и т. д. Несмотря на то, что он может выполнять почти те же функции, что и StyleCop, FxCop ориентирован на Microsoft Design Guidelines . Он проанализирует ваш код, в частности, на предмет возможных проблем с производительностью и безопасностью.
Я никогда не писал правил ни для одного из них, но я считаю, что вы должны выбрать тот, который делает именно то, что вы хотите (если только стандарты кодирования, используйте StyleCop, в противном случае используйте FxCop). Таким образом, вы, вероятно, будете чувствовать себя более комфортно с API.
Проверьте эти ссылки в Википедии: