Не уверен, если у вас есть варианты для сопоставления доменов, поддоменов с папками в CPANEL, так как я не большой поклонник cpanel. Хостинговая компания, которую я использую, позволяет сопоставлять папки с создаваемыми мной доменами и поддоменами, поэтому у меня также есть две папки.
Одна из моих папок в v1, а другая - v2.
Я указываю действующий домен на v1, когда я работаю над улучшениями версии в v2, и указываю домен на v2, когда мне нужно сделать улучшения на v1 (но когда происходит переключение, мне все равно приходится копировать файлы - преимущество что бета-сайт выдает ошибки, когда я копирую, а не основной сайт)