Вы правы, изменение позиции, похоже, не имеет никакого эффекта; Я предполагаю, что механизм XUL смотрит на него, только когда он вставляет узел в дерево DOM основного документа.
Похоже, что работа с элементами DOM будет работать.
var nodeToMove = ...;
var parent = nodeToMove.parentNode;
parentNode.removeChild(nodeToMove);
parentNode.insertBefore(nodeToMove, someOtherNode);
взял бы узел из любого места и прикрепил бы его к некоторому другому узлу.