Да, можно определить авторегистрацию, когда интерфейс определен в другой сборке. Мы делаем это, хотя мы используем немного другой синтаксис:
container.Register(AllTypes
.FromAssemblyContaining<ConfigurationService>()
.Where(t => t.Name.EndsWith("Service", StringComparison.Ordinal))
.WithService
.FirstInterface()
.Configure(reg => reg.LifeStyle.PerWebRequest));
Я не могу сказать, имеет ли значение другое использование API, но я бы предположил, что это не так. Скорее, я предполагаю, что причиной возникшей ошибки является то, что, возможно, сборка, содержащая интерфейс, недоступна.
Проверьте, может ли Fusion загрузить тип из этого приложения.