Может быть, вы хотите попробовать альтернативу Unity.AutoRegistration.
Проект TecX в CodePlex имеет порт механизма конфигурации StructureMap, включающий поддержку регистрации по соглашению. Конфигурация для Unity может быть найдена в TecX.Unity.Configuration. Есть UnitTests, которые показывают, как это используется.
UPDATE:
С TecX автоматическая регистрация IFoo будет выглядеть так:
ConfigurationBuilder builder = new ConfigurationBuilder();
builder.Scan(
x =>
{
x.AssembliesFromApplicationBaseDirectory();
x.With(new ImplementsIInterfaceNameConvention());
});