Похоже, что разработка остановлена на Jpcap.Их последний выпуск был в 2007 году. Напротив, у jNetPcap были совсем недавние выпуски.Базовая библиотека C libpcap, которую они обертывают, продолжает развиваться, поэтому по этой причине я бы остановился на jNetPcap.
С другой стороны, libpcap - довольно простой API.Если вы знакомы с C, то вы можете получить преимущества в производительности, используя библиотеку напрямую, а не через оболочку Java.В любом случае, есть над чем подумать.