Если я правильно понимаю, некоторые элементы x известны, а некоторые нет, и вы хотите решить Ax = b для неизвестных значений x, правильно?
Пусть Ax = [A1 A2] [x1; x2] = b, где вектор x = [x1; x2], вектор x1 имеет неизвестные значения x, а вектор x2 имеет известные значения x. Тогда A1x1 = b - A2x2. Поэтому решите для x1, используя scipy.linalg.solve
или любой другой желаемый решатель.