По сути, ответ «да». Это связано с тем, что многие механизмы онтологии используют модель данных RDBMS за кулисами для управления онтологией. Но если вам случится найти полноценный движок, который не зависит от СУБД, то для этого нужно провести сравнительный анализ.
Надеюсь, это поможет! - этамар.