Сами файлы AIR являются просто zip-файлами, поэтому теоретически вы можете переименовать их в * .zip и копаться внутри. Но вы не можете обновить содержимое внутри, а затем использовать результат в качестве нового файла AIR, поскольку файлы AIR подписаны, и часть процесса подписания включает в себя получение хэша содержимого приложения. Когда вы пытаетесь использовать файл, содержимое которого вы изменили, новые файлы не будут соответствовать подписи. (Это функция безопасности - вам не нужно, чтобы кто-то брал ваше приложение AIR, изменял внутренности и затем распространял их как обновленную версию.)
Чтобы создать новый файл AIR, необходимо повторно опубликовать (и, следовательно, повторно подписать) из исходного источника.