JNDIConfiguration
ищет данные конфигурации на сервере JNDI (в вашем случае, на сервере JNDI JBoss). Тем не менее, вам все еще нужен способ передачи этих данных на сервер JNDI, и Commons-Configuration не поможет вам в этом.
Мне кажется, что JNDI - это не то, что вам нужно, а лишь небольшая проблема. JBoss по-прежнему нужно где-то хранить данные конфигурации, поэтому у вас все равно будет та же основная проблема.
Если вам не нужны жестко заданные пути к файлам и вам не нужна база данных, тогда я предлагаю вам передать местоположение файла свойств через системное свойство, например,
java -Dmy.config.path=/my/config.properties com.MyClass
Затем передайте это местоположение в Commons Configuration и дайте ему загрузить вашу конфигурацию таким образом. Нет жестко закодированных путей, нет базы данных.