Хотя я не уверен насчет XMLConfiguration, вы можете использовать org.apache.xpath, чтобы проверить, существует ли user_config, или проанализировать его для объекта DOM из строки, inputtream или файла и проверить его таким образом.
DocumentBuilderFactory dbf = DocumentBuilderFactory.newInstance();
DocumentBuilder db = dbf.newDocumentBuilder();
Document document = db.parse("");