Будут ли файлы (jar) Apache commons работать на всех серверах или только на сервере Apache?
Apache commons - это просто библиотека полезных классов Java. Все, что вам нужно, это только соответствующий JRE.
Они будут работать в любой среде, которая поддерживает их уровень языка.
Да, Apache Common Files работает на всех серверах. Он будет поддерживать все серверы.