Если вы решите использовать Apache Derby в качестве базы данных, его версия под названием JavaDB поставляется с пакетом jee6 + Glassfish, вы можете прочитать это руководство о том, как подключиться к нему и создавать таблицы из Eclipse , Вам необходимо скачать плагин Apache Derby.
Это не имеет никакого отношения к Glassfish, однако в примере показано, как подключиться к нему из обычного настольного Java-приложения с использованием JDBC.