Как вы организовали свои cpp файлы?
Если они организованы в проекты, то при создании проекта будут компилироваться только те файлы cpp, которые изменились с момента последней сборки.
Visual Studio решает эту проблему путем проверки метки времени в файле cpp и сравнения с меткой времени в промежуточном файле вывода (не exe). Так что, как только вы все построите, VS должен создать только то, что было изменено.
Убедитесь, что вы используете «build», а не «rebuild», и с C ++, если вы изменяете файл заголовка, тогда все файлы cpp, использующие этот заголовок, тоже должны быть собраны.