Ваши две строки просто перемещают один и тот же набор элементов jQuery дважды. Если вы хотите новую копию, вы должны клонировать ее снова. after()
ничего не клонирует. Это просто перемещает контент. clone()
в данном случае это то, что создает контент.
var cloned = $('#elem1').clone();
$('#elem2').after(cloned);
cloned = $('#elem1').clone();
$('#elem2').after(cloned);
Также вам следует изменить или удалить атрибут ID, когда вы это сделаете:
var cloned = $('#elem1').clone().removeAttr("id");
$('#elem2').after(cloned);
cloned = $('#elem1').clone().removeAttr("id");
$('#elem2').after(cloned);
, поскольку дублированные идентификаторы технически не допускаются, поэтому поведение не определено.