Вы можете создать так называемую панель инструментов рабочего стола приложения. По сути, ваше приложение будет взаимодействовать с оболочкой Windows (и, следовательно, с другими приложениями), чтобы указать настольному компьютеру, как оно должно взаимодействовать с вашим приложением.
Этот тип функциональности не встроен в .Net, но есть отличное учебное пособие для этого на Code Project .