Единственный способ добиться этого - использовать элементы управления ActiveX, чтобы проверить, установлена ли уже программа. Недостатком этого является то, что пользователю также необходимо установить элемент управления ActiveX и он работает только в Internet Explorer.
ASP .net не может обнаружить это, потому что он запускается на сервере, и необходимо определить, нужно ли запускать программу с клиента.