Диалоговое окно «Добавить ссылку ...» изменяет файл вашего проекта (например .csproj для C #).Это простой файл msbuild.Чтобы добавить ссылку на ваш проект, вы должны изменить узел: Ссылка
<Reference Include="System.Data.Services">
<RequiredTargetFramework>3.5</RequiredTargetFramework>
</Reference>