Идея, нуждающаяся в реализации:
Вы могли бы написать функцию, которая, при вызове, проверяет, является ли единственный оставшийся буфер (или, возможно, единственный буфер без справки, если вы предпочитаете), буфером NERDTree и, если это так, удаляет его (или просто завершает работу).
Затем пусть autocmd запускает его всякий раз, когда буфер удаляется / скрывается / что бы на самом деле не происходило, когда вы: q (мне стыдно признать, что я не совсем уверен!).