Несколько форматов выполняют межфайловое сжатие.
Самый старый пример - .tar.gz; .tar не имеет сжатия, но объединяет все файлы вместе с заголовками перед каждым файлом, а .gz может сжимать только один файл. Оба применяются последовательно, и это традиционный формат в мире Unix. .tar.bz2 тоже самое, только с bzip2 вместо gzip.
Более свежими примерами являются форматы с необязательным «сплошным» сжатием (например, RAR и 7-Zip), которые могут внутренне объединять все файлы перед сжатием, если это разрешено флагом командной строки или параметром GUI.