Я не думаю, что это возможно. Прошло довольно много времени с тех пор, как я углубился в детали, но, если я правильно помню, спецификация того, какой «Main» для запуска, записана в IL. Это не то, что вы можете изменить во время выполнения.
Традиционное решение этой проблемы - заставить ваш метод "Main" анализировать аргументы командной строки, а затем запустить соответствующий метод. Я уверен, что вы можете свести к минимуму или даже исключить повторение кода путем правильного рефакторинга.