Для Windows, AVR Studio 4 согласно другому ответу.
Для Linux вам нужны пакеты avr-gcc и AVRDUDE из вашего дистрибутива ОС, а также ваш выбор C IDE для Linux.
Для OS X вы хотите Crosspack и Xcode.
В Linux или OS X, в зависимости от того, какое устройство вы программируете, вам может потребоваться загрузить исходный код для AVRDUDE и пересобрать его, что потребует также libusb 0.1.12 (не libusb 1.x).