Думаю, проблема в том, что, как вы сказали в своем вопросе, обложка, используемая в Flash CS4, сохраняется во внешнем файле.
Вам просто нужно поместить файл обложки (например, SteelExternalPlaySeekMute.swf) в тот же каталог, что и ваш файл .exe, и он будет работать (только что протестировано).