Эндрю, между MyISAM и InnoDB существует множество различий, наименьшее из которых заключается в том, что они управляются различными параметрами конфигурации в MySQL conf. Существует также тот факт, что InnoDB совместим с ACID в отличие от MyISAM. Кроме того, резервное копирование не может быть сделано с помощью простого копирования файлов MYI и MYD. Затем возникает проблема разных требований к размеру, разных типов индексов и разных рабочих характеристик для двух двигателей.
Несмотря на то, что мне больше всего нравится InnoDB, могу ли я спросить, почему вы полагаете, что переход на InnoDB решит вашу проблему? и, возможно, вам следует искать альтернативный ответ на этот вопрос вместо этого?