Вы можете использовать команду NERDTree: :ClearBookmarks [<bookmark-name>]
или
Ctrl-w
переместите курсор в окно NERDTree, введите B
, если таблица закладок не отображается, выберите закладку, которую хотите удалить, в таблице закладок, введите D
(т.е. shift + d
)
или
vim ~/.NERDTreeBookmarks
затем удалите строку, которую вы хотите удалить
Прочитайте документацию :h NERDTree carefully