$ links встроен в ваш template.php, и модули могут добавлять к нему.
$ links - это <ul>
, а конкретная ссылка - <li class="comment_add">
вы можете использовать css, чтобы дать li.comment_add {background = ..} и использовать str_replace в одном из ваших themename_node_preprocess (& $ vars) и удалить «Добавить новый комментарий» из $ vars ['links']