Не думаю, что стоит смешивать проекты VS2005 с библиотеками VC6. Трудно сказать, в чем проблема. Что я делаю в таких ситуациях, так это создаю новый проект VS2005, который напоминает ваш оригинальный проект с точки зрения настроек (GUI / Console, ATL, MFC и т. Д.) И вижу, какие библиотеки будут выбраны. Затем измените переведенный проект VC6, чтобы он соответствовал этим.