Я не знаю ни одной существующей функции. Ваше первое предложение потерпит неудачу при большом n. Ваша вторая идея должна хорошо работать, когда написана как функция:
perm <- function(n,k){choose(n,k) * factorial(k)}
Тогда perm(500,2)
даст, например, 249500.