Я считаю, что большинство файловых систем хранят имена содержащихся файлов в списке (или какой-либо другой структуре данных с линейным доступом), поэтому хранение большого количества файлов в одном каталоге может привести к замедлению простых операций, таких как перечисление. Наличие вложенной структуры может решить эту проблему путем создания древовидной структуры (или даже Trie , если это имеет смысл) имен, которые могут сократить время, необходимое для получения статистики файла.