Ну, есть несколько вопросов, прежде чем мы действительно сможем зайти слишком далеко.
- Это консольное приложение? Приложение WinForms? или служба Windows?
- Имеется ли у вас среда служб терминалов?
- Что делает ваше приложение?
В зависимости от того, что делает приложение, вы можете проверить, есть ли на их оборудовании необычно высокая активность, которую вы не учли. Примерами, которые я заметил в прошлом, являются такие элементы, как наличие FileSystemWatcher, случайно прослушивающего «место отбрасывания» для создания отчетов на клиентском сервере. Вещи такого рода, предметы, которые в то время как "простаивают" не должны быть заняты, но являются.
В противном случае, если у вас есть возможность сделать это, вы также можете использовать такой инструмент, как ANTS Profiler из RedGate, чтобы увидеть, ЧТО использует время ЦП в среде.