Что не ясно из вашего сообщения, так это какое-либо сопоставление между компонентами XSD и конкретными данными о ресурсах, которые у вас есть в RDF (или их схемах, таких как RDFS или OWL, или обоих).
Если вы понимаете это отображение, то, учитывая, что у вас уже есть реализация JAXB для создания объектов Java (с целью наполнения их данными, представленными как RDF) и реализация Jena для анализа RDF / XML в Java, тогда я предлагаю вам реализовать Java-мост - эффективный пользовательский код, который запрашивает модель Jena данных RDF, чтобы отобразить их в новые объекты классов, сгенерированные JAXB, которые затем могут быть маршалинг до требуемого XML.
Если вы не хотите писать какой-либо Java-код для этого, вы можете написать XSLT или XQuery для преобразования вашего RDF / XML напрямую в требуемый XML, но это звучит так, как будто будь больше работы, чем вышеупомянутый вариант, учитывая, что у вас уже есть.