Вопрос 12 из Doxygen FAQ в конечном итоге привел меня к Perl-фильтру , который выглядит многообещающе. Он преобразует ассемблерный код в нечто, похожее на C, которое может анализировать Doxygen. Спасибо!
Исходная ссылка кажется мертвой. Однако в 2008 году я снял копию asm4doxy.pl и спрятал ее. Я положил его на Pastebin , если кому-то все еще интересно. Насколько я помню, я попробовал это сделать, но в то время у меня это не получалось, но YMMV.