Если я правильно вас понимаю, ваш диалог закрывает строку меню в верхней части окна.
Таким образом, вы хотите, чтобы этот диалог был размещен вручную.
Вы можете использовать опцию «позиция». Это может быть «вправо», «влево», «внизу» или «сверху»
как показано ниже -
`$("#register-dialog").dialog({
bgiframe: true,
height: 300,
width: 400,
modal: true,
position: 'bottom'
buttons: {`
Или вы можете расположить его «справа вверху». Как показано здесь на сайте jquery -
Specifies where the dialog should be displayed. Possible values: 'center', 'left', 'right', 'top', 'bottom', or an array containing a coordinate pair (in pixel offset from top left of viewport) or the possible string values (e.g. ['right','top'] for top right corner).