Я знаю, что это старая тема, но так как у меня та же проблема.
Вы можете изменить имя корневого каталога, заполнив свойство "finalName" вашего подключаемого модуля сборки в файле pom.xml.
<plugin>
<artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
<configuration>
<finalName>test</finalName>
<descriptors>
<descriptor>src/assembly/assembly.xml</descriptor>
</descriptors>
</configuration>
<executions>
<execution>
<id>make-assembly</id>
<phase>package</phase>
<goals>
<goal>single</goal>
</goals>
</execution>
</executions>
</plugin>