finalName раздел в maven только для переопределения настроек по умолчанию.Там вы можете установить только имя выхода, а не структуру.В структуре производства всегда будет война.
У меня похожая проблема.Решение состоит в том, чтобы создать второй проект, который содержит только классы Java и упаковку jar <packaging>jar</packaging>
.В вашем основном проекте с войной добавьте предыдущий как зависимость.
Я предпочитаю многомодульные проекты.Создайте родительский pom и добавьте оба проекта в виде модулей.