Если вы хотите включить целые модули, используйте moduleSets, но если вы хотите выбрать, какие файлы добавить, вы можете использовать fileSets в файле конфигурации сборки из проекта верхнего уровня, например:
<fileSets>
<fileSet>
<directory>${basedir}/myModule/src/main/resources</directory>
<includes>
<include>*.txt</include>
</includes>
</fileSet>
</fileSets>