Информация в этот вопрос (заданная мной несколько месяцев назад) должна помочь вам начать.
Принятый ответ описывает, как получить программный доступ к элементам внутри документа CKEditor из JQUery.
Должна быть возможность выбрать нужный элемент и сделать ScrollIntoView
на основании этого.
Это может уже работает (не проверено):
var documentWrapper = editorname.document; // replace by your CKEDitor instance ID
var documentNode = documentWrapper.$; // or documentWrapper['$'] ;
documentNode.getElementById("id").scrollIntoView(); // Insert your element ID there