Это действительно вопрос предпочтений. Если вы чувствуете себя комфортно на SQL-сервере, это, пожалуй, лучшее место для начала. Но если вы больше программист на C #, иногда проще начать в дизайнере EDMX, создать модель и затем попросить ее выяснить, как должна выглядеть база данных.
Конечно, если вы сначала пойдете по модели, вам все равно нужно будет зайти в SSMS и добавить индексы и, возможно, переименовать некоторые FK и таблицы по своему вкусу. Затем вы можете привести модель в соответствие с обновлением модели.
Моделирование наследования - это то, что вам нужно сделать в конструкторе, но опять же вы можете сделать это либо в SSMS, либо в конструкторе EDMX. Для наследования я в основном предпочитаю SQL в первую очередь, потому что существует явное решение относительно того, какую форму наследования вы хотите - для иерархии, для класса или для конкретного типа.