Возможно, проблема не столько в Putty, сколько в том, что вы открываете файл с помощью Блокнота.
Попробуйте открыть файл журнала в редакторе, который может переключать наборы символов (проще всего, возможно, браузер), и попробуйте переключаться между наборами символов.