Правильно, файлы изолированного хранилища остаются.
Конечные пользователи могут удалить все изолированные данные хранилища или данные для определенного приложения через диалог настройки Silverlight. Он доступен как в меню «Пуск» / «Приложения», так и при нажатии на плагин правой кнопкой мыши.