Зависит от того, когда было написано предупреждение, но далее ниже предложенный абзац:
Не забудьте отключить git's crlf:
git config --global core.autocrlf false
Полагаю, это сочетание проблем с окончанием строки и нестабильностью msysgit на момент написания этой документации. Однако, если бы я сам когда-либо использовал git-svn для импорта из SVN в Git, а не для двусторонней совместной работы, вполне возможно, что предупреждение все еще действует.